Ben presto le cose per Tivoli però peggiorarono: in aggiunta al tributo di mille provisini, subì anche l'imposizione delle decime ecclesiastiche per far fronte alle necessità della Chiesa. La città tuttavia fu meta estiva preferita di papa Onorio IV (1285-1287); il pontefice Nicolò V (1288-1292) fu benevolo verso Tivoli concedendo indulgenze ai fedeli che avessero visitato: la chiesa di S.Maria Maggiore (in occasione dell'Annunciazione, dell'Assunzione, della Quaresima, della Natività della Madonna,della festa di S.Francesco), la Cattedrale di S.Lorenzo (festa del martire e in occasione della dedicazione) e la chiesa di S.Nicola (festa del santo e degli apostoli Pietro e Paolo). Dopo la breve parentesi di Celestino V, che rinunciò all'alta carica, fu eletto Bonifacio VIII (1294-1303). Costui attuò una politica accentratrice per cui non solo si inimicò i cardinali (abituati a partecipare al governo della Chiesa), ma decretò l'esenzione dei beni ecclesiastici da qualsiasi tributo e perciò a Tivoli venne a mancare l'apporto del clero locale per poter pagare il tributo di mille libbre di provisini così come era stato pattuito con il Comune di Roma. Bonifacio VIII acconsentì, come gli era stato richiesto dal Consiglio comunale tiburtino, affinché il clero locale continuasse a pagare la sua quota di tributo.
Madonna delle Grazie
Quando poi si scontrò con i Colonna la lotta travolse anche Tivoli, che fu occupata il 6 settembre 1298 dall'esercito messo su dalle città toscane a favore del papa mentre Colonna cadeva. Bonifacio VIII organizzò una crociata contro Palestrina accusandola di scisma e ribellione (in realtà per essere feudo dei Colonna); nel 1298 Palestrina capitolò e i cardinali Giacomo e Pietro Colonna insieme ai loro congiurati furono confinati a Tivoli;
nel
1299 Palestrina fu distrutta per cui i Colonna preoccupati
per la propria sorte fuggirono da Tivoli e si rifugiarono
presso la corte francese.
Nel XIII sec. il patrimonio artistico tiburtino si arricchì
del gruppo
ligneo della Deposizione, inizialmente collocato nella
Chiesa di S.Pietro alla
Carità e trasferito poi nel Seicento per ordine
del card.Giulio Roma nella ricostruita Cattedrale
di S.Lorenzo. La Deposizione, fatta tra il 1220 ed il
1230, espressione della cultura cistercense e di stile romanico
è una sacra rappresentazione.
Nella chiesa di S.Maria
Maggiore fa il suo ingresso la tavola della Madonna
delle Grazie, copia di quella dell'Aracoeli, realizzata
dal francescano Jacopo Torriti; sempre in questo periodo nella
predetta chiesa viene realizzato il pavimento cosmatesco.
Nella chiesa di S.Stefano
trova ubicazione un ciclo di affreschi che decorano le cappelle
della Crocifissione, della Natività e della Dormizione
mentre un altro è dedicato alle leggende relative al
Santo cui la chiesa è dedicata. Infine nella chiesa
di S.Giovanni
Evangelista (ex S.Cristoforo) si provvede ad affrescare
la parete della navata con figure ascetiche.
