La Villa dopo la morte di Ippolito II

Da ulteriori lettere scritte nel 1758 dalla moglie del Bulgarini e dal fratello di quest'ultima, Stefano Antonio Petrucci, divenuto nel frattempo amministratore dopo la morte del Bulgarini, si apprende che le sole spese di manutenzione furono quelle relative al tetto del Palazzo della villa. Incominciarono allora le trattative per una vendita della villa, ma nell'estate del 1760 fu affittata all'Abate di Saint-Non (che ospitò il pittore Fragonard, autore di molti quadri raffiguranti le famose fontane). Secondo quanto riferisce il Sebastiani in "Viaggio a Tivoli antichissima città latino-sabina fatto nel 1825", il figlio di Francesco III, Ercole Rinaldo III, addirittura spogliò la villa di molte delle statue che la ornavano per portarle nella sua dimora a Roma. Fra queste il celebre Fauno in marmo rosso antico, proveniente inizialmente da Villa Adriana e oggi visibile nei musei capitolini.
Lo stesso Sebastiani riporta come "i piani del palazzo, ove regnò tanto tempo lo splendore, l'opulenza, e la magnificenza di una corte, qual fu quella del card. Ippolito, e che egli stesso chiamò albergo degno di qualunque gran Principe, ora sono disabitati affatto, e spogliati d'ogni abbellimento. Le condutture delle acque ... malgrado gli sforzi, e le cure laudevoli del custode, ora sono o mutilate, o perdute in più luoghi; ed in fine le grandi ajuole de' giardini, sono addivenute vivaj di ulivi, e vile semenzajo d'ortaggi."

Viale delle Cento Fontane

La villa rimase in possesso della famiglia Este Asburgo (il cui ramo iniziò con il matrimonio di Ferdinando Carlo, figlio dell'imperatrice Maria Teresa, con la principessa Maria Beatrice Ricciarda, figlia del duca Ercole Rinaldo III, figlio di Francesco III d'Este) fino al 1918, quando passò allo Stato Italiano, che la ripristinò integralmente. Sotto gli Este Asburgo, infatti Villa d'Este aveva continuato il suo lungo periodo di squallido abbandono, causa l'onerosa manutenzione, sia sotto Francesco IV (1779-1846, figlio di Ferdinando Carlo) sia sotto suo figlio Francesco V (1819-1875). Danni irreparabili furono tuttavia scongiurati grazie al cardinale Gustav von Hohenlohe (a cui nel 1851 fu affidata in enfiteusi la villa, in cambio delle opere di manutenzione, fino alla sua morte, avvenuta nel 1896), che eseguì alcune opere di restauro.

Quest'ultimo, nominato cardinale nel 1866 da Papa Pio IX, fece di Villa d'Este un centro cosmopolita di vita culturale, spesso visitato dal pontefice, da cardinali, regnanti, uomini politici, artisti, letterati e musicisti, fra cui il celebre compositore Listz che qui vi soggiornò a più riprese fra il 1865 ed il 1885, scrivendo diversi capolavori tra i quali Giochi d'acqua a Villa d'Este.

Oltre ai lavori del 1918, un'altra serie di restauri fu invece eseguita nel secondo dopoguerra per riparare i danni fatti dalle bombe cadute sul complesso durante l'ultimo conflitto mondiale.

Dal 2001 Villa d'Este è stata inserita nella lista del Patrimonio Mondiale Unesco.
Si è realizzato ultimamente il progetto di illuminazione notturna della Villa adottando criteri idonei alla salvaguardia dei secolari cipressi che invece in una precedente simile esperienza avevano riportato notevoli danni. Anche le acque dell'Aniene sono state bonificate grazie ad un intervento abbastanza recente per scongiurare che l'acqua vaporizzata negli zampilli non più pura come un tempo fosse dannosa alla salute dei visitatori.
Oggi c'è il progetto di riaprire il vecchio ingresso di Via del Colle così da restituire al visitatore quello che sarebbe stato il colpo d'occhio di colui che entrava nella Villa ai tempi del Cardinale Ippolito II. Dalle parole del Sebastiani possiamo sottolineare la grandiosità della vista: "L'ingresso ti sorprende!Un lunghissimo viale aperto nel declivio di un colle, fiancheggiato da pini, e da cipressi di circa tre secoli, ornato da più fontane in diverse foggie, ed altezze, e da serie interminabile di scalèe, e chiuso in fondo dal palagio, che mostra la fronte primaria abbellita da doppio ordine di loggie, presenta allo sguardo una prospettiva, che ti diletta, ti muove, t'incanta!"