Nuovo conclave, solito corrotto comportamento di Ippolito che fu ancora una volta battuto. Fu eletto Gian Pietro Carafa (Paolo IV), che, pensando che volesse avvelenarlo per divenire papa, lo accusò di simonia e di sodomia condannandolo a lasciare lo Stato pontifico e a ritirarsi in Lombardia. Per lui, sempre più ammalato di podagra, fu l'inizio della fine. Il 28 novembre 1555 a Mirandola morì sua figlia Renata d'Este, sposa due anni prima del conte Lodovico Pio Mirandola e madre di una piccina, Ippolita Caterina che in futuro soposerà Marzio Colonna. Nata forse dalla relazione con una Lampagnano, Ippolito l'aveva riconosciuta, addotata e felicemente sposata.
Vista sui giardini di Villa d'Este
La corte francese non lo ossequiava come un tempo e lui fu ancora più deluso quando morendo Paolo IV nel 1559, tornò a sperare di ottenere la tiara. Fu eletto Pio IV anche grazie al suo appoggio. Come ricompensa Ippolito chiese il cardinalato per il nipote Luigi, fratello di Alfonso II d'Este, nuovo duca di Ferrara (succeduto al defunto padre Ercole). Il conferimento cardinalizio a Luigi (idealmente suo successore) doveva servire a proteggere gli interessi estensi come lui aveva fatto. A fatica riuscì a convincere il nipote (appoggiato dalla madre Renata di Francia, vedova di Ercole d'Este, a sposarsi per interesse) a divenire cardinale.
Pio IV reintegrò Ippolito nel governo di Tivoli e lo inviò in Francia il 30 giugno 1561, pur essendo consigliere regio, a difendere gli interessi della Chiesa. Doveva far desistere quel Paese dall'aiutare gli eretici e spingerlo a far partecipare i prelati al Concilio di Trento. La Francia era dilaniata dalle guerre civili fomentate dalla rivalità tra i Guisa (più forti e appoggiati dalla regina Caterina dei Medici) e i Borbone (protettori degli ugonotti). Non fu ricevuto con gli onori di un tempo; si incontrò con la cognata Renata di Francia (vedova del duca Ercole) che, ormai convinta ugonotta, si rifiutò di tornare in Italia.
Con la sua solita moderazione tentò di evitare la rottura tra i cattolici e gli ugonotti arrivando persino ad ascoltare la predica di un ministro protestante purchè poi i presenti assistessero a quella di un cattolico.A Roma si criticò Ippolito e solo quando in Francia il cardinale fu reintegrato nel consiglio regio, il pontefice ne apprezzò il comportamento lungimirante. Per Ippolito non fu facile convincere a partecipare al Concilio di Trento. Con lo scoppiare delle guerre di religione (1 marzo 1562) Inghilterra e Scozia inviarono aiuti agli eretici, mentre la Spagna tentò di approfittare della Francia in difficoltà. A Dreux i cattolici vinsero ma in un attentato fu ucciso Francesco di Guisa, marito di Anna nipote di Ippolito, che apprese anche di essere stato condannato a morte dagli eretici. Ottenne di ritornare in Italia quando Caterina dei Medici tornò ad essere arbitra della situazione in Orleans e la guerra di religione fu conclusa (gli ugonotti ottennero la libertò di culto).
