Dal Seicento all'Ottocento

Il 1° luglio del 1606 papa Paolo V elevò Marino a ducato, in favore del Cardinal Ascanio Colonna e dei suoi eredi. Nel 1618 fu proclamato patrono della città, al posto di Santa Lucia, san Barnaba.
Il 24 ottobre 1627 papa Urbano VIII celebrò nel nuovo Palazzo Pontificio di Castel Gandolfo le nozze di suo nipote Taddeo Barberini con Anna Colonna, figlia del duca Filippo I Colonna; al termine della funzione e del pranzo, gli sposi e gli ospiti di riguardo furono ospitati dal duca Filippo a Marino per una cena a Palazzo Colonna. Tra il 1640 e il 1662 grazie al duca Filippo Colonna e al nipote, il cardinal Girolamo Colonna, si pose mano alla costruzione della basilica di San Barnaba.
La peste del 1658 infierì duramente a Marino e Grottaferrata, riducendo drammaticamente di più della metà la popolazione marinese, tanto che i Colonna per ripopolare il feudo furono costretti ad incentivare l'immigrazione dai loro feudi abruzzesi.

Basilica di San Barnaba

Il 6 settembre 1675 il consiglio dei Quaranta della Comunità di Marino approvò la bozza delle "Constituzioni dell'Illustre Comunità di Marino", inoltrate il 31 dicembre 1676 dai priori marinesi al duca Lorenzo Onofrio I Colonna ed approvate da questi in via definitiva il 24 gennaio 1677. La prima metà del XVIII sec non vide grossi eventi a Marino, tranne la riapertura della via Appia come collegamento diretto tra Roma, le Paludi Pontine e Napoli, opera intrapresa da papa Pio VI a partire dal 1777 Durante l'occupazione francese, Marino si costituì come Repubblica gemellata alla Repubblica Romana nel marzo 1798, e non partecipò all'insurrezione antifrancese, ricevendo le lodi di Championnet. Però, nel momento del crollo francese e dell'avanzata dei sanfedisti nell'estate 1799, Marino fu saccheggiata dai napoletani.

Col ritorno francese a Roma nel 1807 il Lazio fu annesso alla Francia; Marino divenne cantone ed inglobò la vicina Grottaferrata (di proprietà dei monaci basiliani). I beni ecclesiastici furono incamerati dal demanio ed i religiosi sottoposti all'obbligo di giuramento come in Francia e nelle terre controllate da essa. Il clero marinese accolse malavoglia questa imposizione (per tale opposizione e per la fedeltà dimostrata alla Chiesa cattolica nel 1828 Leone XII insignì i canonici regolari della basilica di San Barnaba del privilegio della cappa magna). Papa Pio VII poté entrare a Roma solo il 24 maggio del 1814 dopo la parentesi napoleonica; al potere pontificio furono restituiti subito Roma, il Lazio e l'Umbria (chiamati "territori di prima recupera").

Nell'estate 1815, il segretario di Stato cardinale Ercole Consalvi ottenne dal Congresso di Vienna (che sancì il ritorno allo status quo precedente alla Rivoluzione francese e a Napoleone) la restituzione della Romagna, delle Marche e di Pontecorvo, che vennero così chiamati "territori di seconda recupera".