Poi iniziò, come per tante altre città, il periodo buio legato all’assenza del soglio pontificio da Roma dopo la morte di Bonifacio VIII. Il trasferimento ad Avignone (la famosa “cattività babilonese” sec. XIV-XV) della sede papale con la conseguente gallicizzazione della Chiesa ed il dilagante nepotismo fu un evento drammatico che sconvolse anche Frascati, divenuto “castrum” (fortezza); il Grande Scisma (causato dall’elezione in contemporanea nel 1378 di due papi, Urbano VI a Roma e Clemente VII a Fondi) completò la rovinosa situazione. La potente famiglia dei Colonna ne diresse le sorti in più di un periodo; quindi per volere di papa Pio II Piccolomini (grande umanista) Frascati passò sotto il controllo di un Prefetto della Santa Sede; furono realizzati le mura cittadine ed un maniero (attualmente occupato dal vescovado).
Palazzo del vescovado
Fu quindi sotto la Camera Apostolica, poi sotto il cardinale Guglielmo d' Estouteville, quindi sotto Lucrezia Borgia (figlia del pontefice Alessandro VI e sorella di Cesare Borgia). Il pontefice Giulio II (siamo ormai ai primi del XVI sec.), per ringraziarlo degli ottimi servigi resigli, riconobbe Frascati come feudo di Marcantonio Colonna, il quale visse nel castrum frascatano dal 1508 insieme a sua moglie Lucrezia della Rovere.
Nel 1515 il Colonna concesse a Frascati uno statuto; nel 1518 fu realizzato un ospedale dedicato a S. Sebastiano (visto che la chiesa a lui consacrata non esisteva più). Lucrezia della Rovere, ormai vedova, si disfece di Frascati che fu acquistato da Pier Luigi Farnese (ultimo feudatario) il quale a sua volta lo vendette alla Camera Apostolica. Atroce fu l’esperienza che la cittadina affrontò nel 1527: i Lanzichenecchi minacciarono di espugnarla ma, secondo una tradizione popolare, furono dissuasi da un’edicola del Vergine, situata lungo la strada nei pressi di Frascati. Per ringraziare la Madonna dello scampato pericolo, il popolo edificò la chiesa di Capocroce. Nel 1538 la cittadina ottenne dal pontefice Paolo III un prestigioso riconoscimento: divenne “Civitas” prendendo il nome di Tusculum Novum. Il predetto papa fece costruire anche una fortificata cinta muraria e, grazie ad Antonio da Sangallo il Giovane, progettò persino un piano regolatore secondo il quale la città venne divisa in tre rioni (S. Pietro, S. Flavia e S. Maria).
