En el siglo XVI aumentó el número de personas que tomaron posesión de las partes del complejo. Viñedos y frutales han nacido gracias a la construcción de terraplenes. En el siglo XVII se inició la fase de industrialización llamado del complejo.
En 1612 (o 1614) la Cámara Apostólica se declaró el titular del coplejo y asentó una fábrica de armas y posteriormente emplazó en las ruinas un arsenal (sustituyendo al de Villa Gregoriana). Desde 1658 hasta 1740 en esta fabrica se manufacturó también lana, cáñamo y lino. En 1795 Pío VI recuperó la parte norte del complejo y emplazó la armaría para su ejército (útil en la lucha contra los invasores franceses), dirigida por Carlo Lombardi y Niccola Giardoni.
El General de Tivoli
Después se convirtió en una fábrica de pólvora, y luego una fábrica de lana.
En 1802 la fábrica fue comprada por Luciano Bonaparte para hacer cañones y luego fue vendida en 1815 a la duquesa de Chablais. Luego comenzó la actividad de trabajo de hierro de la Ferreria de Antonio Carlandi y G. Graziosi, que fue adquirida en 1846 por la Società Romana delle Miniere e sue Lavorazioni di Ferro. En 1884 la Società per le Forze Idrauliche adquirió el complejo.
A partir de este momento en que el santuario fue cambiado por completo y tallado en dos (incluido el templo) por canal Canevari (desde 1885 hasta 1886) diseñado para recoger todos los canales de agua desviada a lo largo de la arista norte y luego canalizarlos para hacer funcionar la Central Hidroeléctrica de Acquoria. El 26 de agosto 1886 Tivoli fue la primera ciudad italiana que se ilumina con energía eléctrica. En 1887 la Liga de las fuerzas hidráulicas son filiales de la compañía para proveer de electricidad anglo-romano en Roma.
La entrada actual de la Via Tecta es obra de la Società per le Forze Idrauliche e gli Usi Industriali e Agricoli, como reza la leyenda de su arco.
En lugar una parte del complejo fue ocupada de la fábrica de papel de Giuseppe Segrè, desaparecida en los años cincuenta del siglo XX cuando lo Estado italianose hizo cargo de todo el complejo. Esta fábrica fue el último establecimiento industrial de el Santuario.
