Alcuni anni più tardi l'abate Giovanni V (1065-1077) con le sue truppe assalì il castrum, la Rocca (che divenne la residenza ufficiale dell'abate) cioè il piccolo castello e relativo borgo di Subiaco, che era riuscito fino ad allora a mantenersi indipendente, sottomettendo città e popolo alla giurisdizione dell'abbazia. Si dovette aspettare il 1193 per avere delle norme statuarie a garanzia delle libertà comunali. Il potere enorme dell'abbazia benedettina causò vere e proprie lotte intestine, che per circa trecento anni coinvolsero l'amministrazione dell'abbazia e dei suoi domini.
Convento di San Francesco
Non sempre per l'abbazia fu tutto "rose e fiori": molti furono i momenti di crisi da cui riuscì a riemergere in modo splendido e positivo (vedi ad esempio l'abbellimento dei tre edifici istituzionali dell'ordine benedettino a Subiaco: la Rocca, il Sacro Speco ed il monastero di Santa Scolastica).
Molti pellegrini erano attratti dal Sacro Speco, divenuto ormai un santuario; costoro, venuti da ogni parte, facevano molte donazioni destinate al finanziamento dei lavori degli affreschi del monastero di S.Benedetto. Fu il pontefice Callisto III nel 1456 a decidere di istituire la "commenda" per sottrarre la disputata carica di abate alle famiglie nobiliari che se la contendevano. In altre parole con la commenda il Papa affidava ad un suo delegato l'amministrazione dell'immenso patrimonio dell'abbazia nella gestione del quale si avvicendarono per circa trecento anni i Borgia, i Colonna, i Barberini. La commenda terminò nel 1753 poiché il Papa Benedetto XIV inglobò definitivamente Subiaco e la sua abbazia nello Stato Pontificio.
