Il Cinquecento

Marino con 36 feudi di Campagna e Marittima spettò a Giovanni (il figlio illeggittimo che Lucrezia ebbe da Pedro Calderon). Vista la minore età di Giovanni la cura dei feudi fu data al cardinale Francesco Borgia, vescovo di Cosenza. Però nel 1503 morì Alessandro VI e il nuovo Papa Pio III restituì ai legittimi proprietari i loro feudi: Così anche i Colonna rientrarono in Marino. Il 19 luglio 1512 trovò rifugio nel castello Alfonso I d'Este, duca di Ferrara e comandante dell'esercito francese in Italia, ricercato da papa Giulio II ma nascosto da Fabrizio I Colonna, che era stato a sua volta trattato con tutti i riguardi a Ferrara quando era caduto prigioniero dei francesi dopo la battaglia di Ravenna (11 aprile 1512).

Palazzo Bandinelli, XV secolo

Scoppiata la guerra tra l'imperatore Carlo V d'Asburgo e il re di Francia Francesco I di Valois, i Colonna si schierarono con gli imperiali mentre il papa, Clemente VII, si alleò con i francesi. Il 7 novembre 1526 fu inviato un monitorio papale dal pontefice ai Colonna che non lo accettarono per cui Clemente VII inviò un esercito, comandato dal capitano di ventura Vitellozzo Vitelli e dal legato pontificio Agostino Trivulzio, che rase al suolo quattordici feudi laziali dei Colonna, tra cui Marino, Zagarolo, Gallicano, Artena, Subiaco e Cave. Si distinsero nel saccheggio di Marino i soldati velletrani tanto che nacque il detto "velletrani, rubba Madonne e rubba campane" (avendo rubato la immagine della Madonna del Popolo, attualmente conservata nella basilica di San Barnaba, e delle campane del campanile della chiesa parrocchiale di Santa Lucia. La tradizione popolare narra che detta immagine tornò miracolosamente a Marino il giorno dopo il saccheggio).

Dopo il sacco di Roma del maggio 1527 avvenuto ad opera delle truppe dei lanzichenecchi al comando dell'Imperatore Carlo V, Fabrizio I Colonna, in quel momento alleato dei vincitori, obbligò il Comune di Velletri a risarcire Marino per la distruzione operata dai suoi soldati Durante la guerra tra papa Paolo III e la Spagna (con cui si erano schierati i Colonna) nella primavera del 1539 il pontefice ed i Colonna combatterono la cosiddetta "guerra del sale":Paolo III pretese la concessione del feudo di Rocca di Papa alla Reverenda Camera Apostolica come segno di fedeltà dei Colonna, ma Ascanio I Colonna rifiutò e proclamò un'amnistia di tutti i delinquenti comuni dei suoi feudi purché combattessero con lui contro il papa. Marino e Rocca di Papa furono però occupate il 14 marzo 1539 dal nipote del Papa, Pierluigi Farnese. I Colonna furono così scacciati dallo Stato Pontificio e trentacinque dei loro feudi furono incamerati dalla Camera Apostolica il 27 maggio 1539 e governati da essa per un decenni. Morto il papa, Ascanio Colonna tornò in possesso dei suoi feudi e iniziò a costruire Palazzo Colonna sotto la direzione di Antonio da Sangallo il Giovane e a realizzare i sottostanti Giardini Colonna.

Marcantonio II Colonna, figlio primogenito di Ascanio Colonna, si sposò a Marino il 1º marzo 1552 con Felice Orsini. Solo due anni dopo, nell'agosto 1554, il figlio usurpò al padre il feudo di Marino. Nel 1556, in seguito alla guerra tra papa Paolo IV e la Spagna, i Colonna furono espropriati dei loro beni che passarono a Carlo Carafa, nipote del Papa. Tornò ai Colonna nel 1559. Il 7 ottobre 1571 l'allora signore di Marino, Marcantonio II Colonna vinse la battaglia di Lepanto al comando della flotta pontificia: rientrò a Marino il 4 novembre. Sotto la sua signoria, durata fino alla sua morte nel 1584, Marino conobbe un grande rinnovamento sia urbanistico che giuridico ed amministrativo.

Per ripopolare il feudo, Marcantonio Colonna il 26 dicembre 1574 emanò una patente con la quale promise l'esenzione per quattro anni da ogni servizio reale e personale a chiunque avesse voluto diventare suo vassallo nella terra di Marino, in cambio solo del giuramento di fedeltà ed obbedienza. Il successore del vincitore di Lepanto fu il figlio cardinale Ascanio II Colonna, il quale non si fece ben volere dalla popolazione. Nel 1599 i marinesi si ribellarono ai gabellieri del cardinal Ascanio Colonna; per reprimere la rivolta popolare dovettero intervenire truppe pontificie da Frascati e da Velletri, dando motivo a papa Clemente VIII di inviare un commissario pontificio ad acta. Il 3 ottobre 1594 il cardinale rinunciò al diritto feudale dello ius super scadentiis sulle terre dei vassalli in cambio di un contributo di 2000 scudi versato dalla Comunità marinese.